每隻海豚都有自己的核心移動範圍，環評發現第三跑擬建的位置正處於大嶼山北海豚社群來往沙洲及龍鼓洲海岸公園和大小磨刀洲以至欣澳一帶的主要移動路線。如果路線被阻隔，海豚只可以使用交通繁忙的龍鼓水道移動，最終導致海豚放棄大嶼山東北的水域。
與填海工程相關的大量工程船隻，每天快速路經海豚活躍的重要生境
- 環評報告中提及與填海工程相關的工程船隻，由於其速度緩慢而不會影響附近出沒的海豚。
- 但根據港珠澳大橋工程的經驗，工程範圍附近水域亦會有大量快速航行的交通船隻，每天接載眾多工人路經海豚活躍的重要生境，
- 環評報告卻沒有提及相關的評估。
海天碼頭高速船隻數目於第三跑道建成繼續攀升，未來海豚數目將會承受更大的打擊
- 雖然機管局在環評報告提供充足數據，證明海豚飽受高速船的影響，
- 但卻避談海豚數目下降與海天碼頭高速船隻數目不斷上升的因果關係，
- 更未有提及未來海豚的數目會否因著船隻數目於第三跑道建成繼續攀升，而要承受更大的打擊。
海岸公園內船的限速是10海哩，機管局所提出的15海哩絕不合理
- 在環評報告機管局建議高速船改道經龍鼓洲北面，並且在接近海岸公園的一段航線規定高速船的速度不能超越15海哩。
- 但機管局並沒有說明如何由相關的政府部門執法，管轄，和違規後的罰則，而且不是從海天碼頭駛出的船亦難以受規管。
- 另外，海岸公園內船的限速是10海哩，10海哩是證實能有效保護海豚的速度，所以機管局所提出的15海哩絕不合理。
- 機管局亦完全忽略船隻的水底聲音頻率對海豚的影響，對依賴聲音作迴音定位的海豚，發出不同頻率的船隻對海豚的影響分別很大，機管局對這方面隻字不提，報告明顯不夠全面。
海天碼頭的高速船改道海岸公園北面，不單沒有補償棲息地的作用，反而危害海岸公園的保護作用
- 機管局在環評研究概要中提出其中一個補償方案是把大嶼山南面的高速船改道避開白海豚的重要棲息地，以提供更多可用的棲息地予海豚，
- 但在環評報告中卻以該處的高速船非其控制範圍為由，而沒有研究該措施的可行性。
- 機管局明顯沒有意欲補償海豚將失去的650公頃棲息地，而將海天碼頭的高速船改道繞過龍鼓洲北面的措施並未有增加海豚可用的棲息地，
- 所以並沒有補償棲息地的作用，反而危害沙洲及龍鼓洲海岸公園的保護作用。
評估忽略了晚上海豚出沒的地方，機管局不應只根據白天的數據而制定高速船的限速範圍
- 環評報告提出改道後的高速船在白海豚出沒率高的範圍限速航行，
- 但其實環評報告中亦提到海豚的移動會被船隻嚴重影響。
- 而機管局評估白海豚出沒的數據只限白天的海豚數目，而忽略了晚上海豚出沒的地方。
- 所以機管局不應只根據白天的數據而制定高速船的限速範圍。
