擬建的第三條跑道與沙洲及龍鼓洲海岸公園只有少於一公里的距離。沙洲及龍鼓洲海岸公園設立的目的是成為中華白海豚的保護區，但工程在離海岸公園距離非常近，在工程範圍附近會停泊大量工程船，霸佔海豚的棲息地。根據過去的工程，工地範圍會築起防沙網，防沙網的範圍會遠比實際的填海範圍大，所以與海岸公園的距離會更近。
嚴重影響北大嶼山水域的「海豚避難所」
- 沙洲及龍鼓洲海岸公園一直以來為北大嶼山水域的最重要海豚棲息地，對北面的海豚族群來說尤其重要。
- 在此敏感的生境附近，理應儘量避免任何發展及滋擾，如增加船隻的航行及填海而導致生境流失。
- 興建第三條跑道的大型工程將嚴重影響海岸公園此作為北大嶼山水域的「海豚避難所」的功效，令生活在此水域的海豚的生存蒙上極大的陰影。
高速船改道，為海岸公園出沒的海豚帶來更大的滋擾
- 由於填海工程將影響現有海天碼頭高速船航線，這些高速船將經由龍鼓洲以北水域前往珠三角城市。
- 兩條改道路線均會將更多的高速船帶至海岸公園的邊界附近，
- 為海岸公園出沒的海豚帶來更大的滋擾，影響此保護區作為保育中華白海豚的作用。
新海岸公園效果不能被評估，「海豚會回來」只是一個猜測
- 環評報告提出要評估對海豚保護措施的效益，包括新成立的海岸公園(section 13.11.5.43)。
- 但機管局根本完全沒有方法去評估海岸公園的效果，因為香港沒有可參考的案例。
- 而機管局亦不肯等待至2016年後大小磨刀洲海岸公園成立後再評估其效益。
- 所以機管局一直說「海豚會回來」只是一個猜測，而非根據實際數據的說法。
