第三跑的填海工程是繼香港赤鱲角機場後最大規模的填海工程，面積達650公頃。
海豚十年間大幅下降，大型填海將永久摧毀一大片海豚重要棲息地
- 根據機管局環評報告顯示，第三條跑道填海範圍被確認為重要海豚棲息地，
- 海豚在日間會匆匆路經此處往來不同活動核心區，而在夜間更會停留在該處進行覓食或其他活動。
- 在此水域進行大型填海工程，將永久摧毀一大片海豚重要棲息地；
- 從保育角度來說，尤其是海豚在香港水域已在十年間大幅下降，此大型填海是完全不可能接受的，亦違反環評原則。
海豚棲身地在工程開始之時便已被霸佔，補償措施應在工程開始時立即實施
- 環評報告內表示海豚棲息地會在第三條跑道的營運階段永久失去，
- 但其實牠們的棲身地在工程開始的時候便已被霸佔，並會立即損失工程防沙網內的面積。
- 機管局此說法明顯想誤導公眾，令市民覺得補償海豚棲息地的措施可在工程結束後才實施。
- 由此可見，補償措施應該在工程開始時便當即實施，而非工程後。
新海岸公園將在新跑道「營運階段」才成立，能當是「填海期間」的補償措施和預警措施嗎？
- 第三條跑道的環評報告中提及的新海岸公園將在新跑道運營階段才成立，
- 而機管局將這部份放在填海期間的補償措施和預警措施中完全不合邏輯，此舉亦有誤導市民之嫌。
- 此外，機管局所提出的其他措施均不能減低施工期間海豚失去650公頃棲息地的影響。
- 首先，施工對海豚絕對不只「中等水平的影響」，而採用機管局所提出的措施後更絕非變成「可接受的影響」。
機管局對保護海豚措施的提議充耳不聞，必然要為海豚數目進一步下跌負上責任
- 整個大嶼山北水域的海豚數目在過去十年不斷下降，而第三條跑道將會令海豚損失大片棲息地，成為牠們近年來最大的威脅。
- 機管局必須估計第三跑工程前期、期間和完工後到海豚數量的影響，如果第三跑工程會令海豚數目進一步下跌，機管局必然要負上責任。
- 而機管局可以做的保護海豚措施其實有很多，包括停止海天碼頭的運作；促使大嶼山南的高速船改道以避開重要海豚棲身地；讓大小磨刀洲海岸公園先成立以評估其「海豚會回來」的可能性。
- 但機管局對所有提議充耳不聞，試問如何叫市民相信機管局想保護白海豚？
